Nuevos paquetes de R o Python para añadir al JupyterHub

[emiliom]

Añadan aquí los paquetes que utilizen en sus tutoriales, que no se encuentran ya disponibles en los entornos de Python y R en el JupyterHub. Para verificar si el paquete ya está incluído, consulten estos archivos por medio de una simple búsqueda:

• Python:
  • conda-forge: https://github.com/oceanhackweek/jupyter-image/blob/main/py-base/conda-linux-64.lock
• R:
  • conda-forge: https://github.com/oceanhackweek/jupyter-image/blob/main/r/conda-linux-64.lock
  • CRAN y github (bloque marcado en amarillo): https://github.com/oceanhackweek/jupyter-image/blob/main/r/Dockerfile#L78-L96

Si no aparece ahí el nombre del paquete, por favor inclúyanlo en este issue lo antes posible. Yo lo añadiré a la "imagen" correspondiente.

Por cada petición de paquetes, incluyan:

• Python o R
• Nombre del paquete
• Se encuentra en conda-forge? Pueden consultarlo aquí https://conda-forge.org/feedstock-outputs/. Incluir el nombre exacto usado en conda-forge.
• Si no está en conda-forge, donde se encuentra? CRAN? PyPI? GitHub? Incluir el enlace a la fuente del paquete, y el nombre exacto usado en esa fuente

[lidefi87]

En mi primer tutorial tengo los siguientes paquetes de R: tidyverse, rerddap, raster, lubridate, RColorBrewer, y rnaturalearth. El segundo tutorial aún no lo termino porque sigo en búsqueda de un mejor set de datos. Este fin de semana lo termino.

[emiliom]

Gracias Denisse. Chequié en https://github.com/oceanhackweek/jupyter-image/blob/main/r/conda-linux-64.lock, y todos esos paquetes ya se encuentran en el entorno. Perfecto!

[LauraGomezNavarro]

En el tutorial de datos online uso (solo python): numpy, matplotlib , cartopy , xarray , cf_xarray , folium , seawater , palettable , datetime , json , `erddapy

[emiliom]

Gracias Laura. Todos esos paquetes se encuentran en el entorno Python (https://github.com/oceanhackweek/jupyter-image/blob/main/py-base/conda-linux-64.lock). datetime y json son parte del standard library.

[LauraGomezNavarro]

Gracias Emilio. Para uno de los proyectos que no estamos planteando proponer nos haría falta un paquete bastante específico: parcels (conda create-c conda-forge parcels, https://oceanparcels.org/#installing).

[emiliom]

Paquetes a añadir en la próxima actualización de los entornos del jupyterhub:

Python

• parcels (conda-forge)
• windrose (conda-forge)

R

• r-palmerpenguins (conda-forge)
• satin (CRAN)
• echogram (https://github.com/hvillalo/echogram). Dependencias de echogram, que hay que instalar explícitamente:
  • r-mmand (conda-forge)
  • readHAC (CRAN)

[davecorrea]

Emilio, acabo de verificar que los paquetes que utilizó ya los mencionaron y se encuentran instalados, solo quedaría instalar la librería windrose de Python. Por favor podrías instalarlo [https://pypi.org/project/windrose].

[emiliom]

Muchas gracias @davecorrea . Ya confirmé que el paquete conda se encuentra en conda-forge, así que no anticipo ningún problema.

[hvillalo]

Emilio, en mi caso faltaría palmerpenguins, satin y echogram y sus dependencias. En el caso de echogram, necesitaría la versión del github (https://github.com/hvillalo/echogram). Otros paquetes que uso pero que ya aparecen en los enlaces que indicaste son sp, lubridate, lattice y ggplot2. Gracias!

[emiliom]

Gracias @hvillalo . palmerpenguins está en conda-forge y satin en CRAN. No espero ningún problema, pero como no sé mucho de R, no sé si las dependencias de echogram también se instalarán fácilmente.

Haré la actualización de los entornos mañana viernes después de la reunión.

[emiliom]

@hvillalo me podrías apuntar a un archivo que enumere las dependencias de echogram? Es la lista en https://github.com/hvillalo/echogram/blob/master/DESCRIPTION, bajo Imports:?

[hvillalo]

Hola Emilio, Muchas gracias! Si, esas son las dependenecias, básicamente faltaría geosphere, readHAC, pals, mmand, data.table, plyr Pendientes y gracias de nuevo por todo. Héctor

…

-- Dr. Héctor Villalobos ***@***.******@***.***)> Depto. de Pesquerías y Biología Marina Instituto Politécnico Nacional-Centro Interdisciplinario de Ciencias Marinas CICIMAR-I.P.N. A.P. 592. Colonia Centro La Paz, Baja California Sur, MÉXICO. 23000 Tels.: (+52 612) 122 53 44; 123 46 58; 123 47 34 ext.: 81602 Fax: (+52 612) 122 53 22 Sent with [Proton Mail](https://proton.me/) secure email.

------- Original Message -------

On Friday, February 24th, 2023 at 1:06 PM, Emilio Mayorga ***@***.***> wrote: ***@***.***(https://github.com/hvillalo) me podrías apuntar a un archivo que enumere las dependencias de echogram? Es la lista en https://github.com/hvillalo/echogram/blob/master/DESCRIPTION, bajo Imports:? — Reply to this email directly, [view it on GitHub](#1 (comment)), or [unsubscribe](https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AGEV2ACAOYL72GQRVLCA563WZEBEDANCNFSM6AAAAAAVCY4XCQ). You are receiving this because you were mentioned.Message ID: ***@***.***>

[emiliom]

Gracias. Parece que los únicos que no tenemos ya en el entorno son readHAC y mmand. pals lo tenemos, pero por favor confirmame si es https://github.com/kwstat/pals

Para readHAC y mmand, me podrías decir las fuentes de los paquetes, si CRAN o github? Y si es github, el enlace.